Universitas HKBP Nommensen (UHKBPN Pematangsiantar) berada di Provinsi Sumatera Utara, tepatnya berlokasi di Jalan Sangnaualuh No. 4 Kota Pematangsiantar. Sebelum UHKBPN Pematangsiantar didirikan, FKIP UHKBPN berdomisili di Pematangsiantar sedang Rektorat berkedudukan di kampus Medan. Pendirian UHKBPN Pematangsiantar dilaksanakan karena melihat perkembangan minat masyarakat yang ingin menimba ilmu di UHKBPN Pematangsiantar. Selanjutnya dilihat dari segi keberadaannya, baik di Medan maupun di Pematangsiantar. UHKBPN dapat dijangkau dari seluruh penjuru kota dengan sangat mudah. Hal ini memberikan peluang bagi UHKBPN Pematangsiantar lebih dikenal oleh masyarakat.

Berdasarkan historisitas bahwa Universitas Huria Kristen Batak Protestan Nommensen yang saat ini disingkat dengan UHKBPN diselenggarakan oleh Yayasan Universitas Huria Kristen Batak Protestan Nommensen. Pada waktu pembukaannya, Universitas HKBP Nommensen memiliki 3 (tiga) Fakultas yaitu Fakultas Theologia, Fakultas Hukum, dan Fakultas Ekonomi. Pada tahun 1955, Fakultas Hukum ditutup karena kekurangan tenaga pengajar, sementara Fakultas Ekonomi dipindahkan ke kota Medan (Jalan Sutomo Nomor 4A) karena kesulitan tenaga pengajar. Pada tahun 1962 didirikan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan di Pematangsiantar dengan Program Studi terdiri dari Program Studi Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial (Pendidikan Dunia Usaha/Tata Buku), Pendidikan Bahasa Asing (Bahasa Jerman). Pendidikan Biologi dan Ilmu Pengetahuan Alam, Pendidikan Bahasa Inggris, Pendidikan Bahasa dan Seni, Ilmu Pasti, Civic Hukum, dan Pendidikan Agama Kristen. Selanjutnya terhitung 1 Januari pada tahun 1966 berdasarkan Surat Keterangan Terdaftar di Departemen  Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan diberikan status terdaftar terhadap 5 (lima) jurusan yaitu : Jurusan Pendidikan Umum, Jurusan Bahasa Inggris, Jurusan Civic/Hukum, Jurusan Bahasa Jerman, dan Jurusan Pendidikan Agama Kristen yang masuk pada Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, berikutnya pada tahun 1978 Fakultas Theologia berdiri sendiri menjadi Sekolah Tinggi Theologia (STT) HKBP Pematangsiantar sejak itu mahasiswa Fakultas Theologia Universitas HKBP Nommensen dipindahkan seluruhnya ke STT HKBP Pematangsiantar.

Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi (Kemenristekdikti) menerbitkan izin pendirian Universitas HKBP Nommensen Pematangsiantar di kota Pematangsiantar yang diselenggarakan oleh Yayasan Universitas Huria Kristen Batak Protestan Nommensen dengan Nomor 715/KPT/I/2017 tanggal 6 Desember 2017.