Lambang Universitas HKBP Nommensen Pematangsiantar mempuyai lambang yang terdiri dari Salib Kristus di atas Alkitab di dalam Bola dunia, Pro deo et Patria ditulis di sebelah atas, Padi dan Kapas pada tatanan sebelah kiri, Mahkota Duri dari pada tatanan sebelah kanan dan huruf N yang dililiti pita bertuliskan Universitas HKBP Nommensen Pematangsiantar di bagian bawah, PS adalah Permatangsiantar. Warna dasar adalah biru langit, Padi, Salib, pinggir dan tulisan pada Alkitab berwarna kuning emas, Kapas dan Alkitab berwarna putih dan Mahkota Duri berwarna coklat tua.


L A M B A N G

Makna yang terkandung dalam lambang tersebut adalah:
a.    Pro Deo Et Patria berarti untuk Tuhan dan Ibu Pertiwi;
b.    Salib Kristus dan Alkitab beserta tulisan di dalamnya berarti kekristenan;
c.    Bola Dunia berarti kehidupan Dunia;
d.    Padi dan Kapas berarti Keadilan Sosial;
e.    Mahkota Duri berarti pengorbanan Tuhan Yesus Kristus untuk menebus dosa manusia;
f.    Huruf N berarti Nommensen; PS adalah Pematangsiantar
g.    Lilitan Pita berarti pelayanan tanpa pamrih;
h.    Warna Dasar Biru berarti cakrawala pendidikan.